Eketorps museum ligger inuti borgen och den invigdes av Kung Carl XVI Gustaf år 1984. Byggnaden är utformad så att den till form och material har anpassats sig till de folkvandringstida husen i Eketorp II. Museet är uppbyggt på den västra huslängan i Eketorp II: s mittkvarter. Murarna i museet är ej ursprungliga men deras läge är det. Järnåldershusens dörröppningar återfinns i museets fasad mot det västra torget och murarna i norr och söder är uppbyggda av stenar som kommer från de gamla husmurarna i mittkvarteret.
Den västra huslängan i mittkvarteret utgjordes ursprungligen av sju hus med gemensamma långmurar. I museet har dessa långmurar tagits bort - de markeras endast genom att de är uppbyggda någon meter in i utställningslokalen från de gamla husgavlarna - och genom detta skapas en stor, sammanhängande utställningslokal i vilken man fritt kan vandra omkring. De ursprungliga husen markeras invändigt, förutom av de delvis uppbyggda mellanväggarna, av att varje hus fortfarande har ett eget tak. Där takfallen möts mellan husen finns nu, istället för stenmurar, glaslanterniner som släpper in dagsljuset i utställningslokalen. Under dessa ljusschakt befinner sig de stora glasmontrar i vilka fynden ställs ut.
Utställning
De föremål som ställs ut i museet är endast ett urval av de 26 000 som påträffats. De övriga fynden finns i Statens Historiska Museum i Stockholm. Varje monter i utställningen har i sin sockel en avfuktningsapparat som garanterar att de känsliga metallföremålen får det torra klimat de behöver för att inte ska förstöras genom korrosion.
